Vědecký pracovník, Laboratoř evoluční protistologie
Valenčáková A., Balent P., Ravaszová P., Horák A., Oborník M., Halanová M., Malčeková B., Novotný F., Goldová M. (2012) Molecular identification and genotyping of Microsporidia in selected hosts. Parasitology Research 110: 689-693.
Saldarriaga J.F., Gile G.H., James E.R., Horák A., Scheffrahn R.H., Keeling P.J. (2011) Morphology and molecular phylogeny of Pseudotrichonympha hertwigi and Pseudotrichonympha paulistana (Trichonymphea, Parabasalia) from neotropical rhinotermitids. Journal of Eukaryotic Microbiology 58: 487–496.
Černotíková E., Horák A., Moravec F. (2011) Phylogenetic relationships of some spirurine nematodes (Nematoda: Chromadorea: Rhabditida: Spirurina) parasitic in fishes inferred from SSU rRNA gene sequences. Folia Parasitologica 58: 135–148.

Allen A.E., Dupont Ch.L., Oborník M., Horák A., Nunes-Nesi A., McCrow J.P., Zheng H., Johnson D.A., Hu H., Fernie A.R., Bowler Ch. (2011) Evolution and metabolic significance of the urea cycle in photosynthetic diatoms. Nature 473: 203–209.
Chroňáková A., Horák A., Elhottová D., Krištůfek V. (2009) Diverse archaeal community of a bat guano pile in Domica Cave (Slovak Karst, Slovakia). Folia Microbiologica 54: 436–446.
Více informací v anglické verzi.
Pro porovnávací studie jsou helmintologům z různých zemí k dispozici rozsáhlé sbírky...