Laboratoř molekulární taxonomie (LMT) byla založena v roce 2000 jako společné pracoviště Parazitologického ústavu AV ČR (dnes součást Biologického centra AVČR, v.v.i.) a Biologické fakulty Jihočeské university v Českých Budějovicích (dnes Přírodovědecká fakulta tamtéž). Laboratoř je určena ke studiu molekulární evoluce jednobuněčných eukaryot, zejména těch, kteří prošli procesem sekundární endosymbiózy. LMT je podporována z grantů České grantové agentury a Ministerstva školství.
Allen A.E., Dupont Ch.L., Oborník M., Horák A., Nunes-Nesi A., McCrow J.P., Zheng H., Johnson D.A., Hu H., Fernie A.R., Bowler Ch. (2011) Evolution and metabolic significance of the urea cycle in photosynthetic diatoms. Nature 473: 203–209.
Janouškovec J., Horák A., Oborník M., Lukeš J., Keeling P.J. (2010) A common red algal origin of the apicomplexan, dinoflagellate, and heterokont plastids. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 107: 10949–10954. (pdf)
MOORE R.B., OBORNÍK M., JANOUŠKOVEC J., CHRUDIMSKÝ T., VANCOVÁ M., GREEN D.H., WRIGHT S.W., DAVIES N.W., BOLCH C.J.S., HEIMANN K., ŠLAPETA J., HOEGH-GULDBERG O., LOGSDON J.M., CARTER D.A. (2008) A photosynthetic alveolate closely related to apicomplexan parasites. Nature 451: 959-963.
BOWLER C., ALLEN A.E., BADGER J.H., GRIMWOOD J., JABBARI K., KUO A., MAHESWARI U., MARTENS C., MAUMUS F., OTILLAR R.P., RAYKO E., SALAMOV A., VANDEPOELE K., BESZTERI B., GRUBER A., HEIJDE M., KATINKA M., MOCK T., VALENTIN K., VERRET F., BERGES J.A., (2008) The Phaeodactylum genome reveals the evolutionary history of diatom genomes. Nature 456: 239-244.
Nová skupina fotosyntetických alveolát byla izolována z tvrdých korálů Robertem Moorem (University of Sydney, Austrálie). Ve spolupráci s ním jsme pracovali na molekulární charakterizaci a fylogenezi tohoto organismu, stejně jako na charakterizaci a původu jeho organel. Nová řasa byla pojmenována Chromera velia a dala základ pro ustavení nového kmene v rámci Alveolata, Chromerida (Moore, RB, Oborník M, et al., 2008, Nature).
Řada jednobuněčných fotoautotrofních eukaryot (mapř. rozsivky, heterokonta, skrytěnky, obrněnky, eugleny, ale i paraziti kmene Apicomplexa) obsahuje komplexní plastid, o kterém se předpokládá, že se vyvinul z pohlcené eukaryotické řasy v procesu sekundární endosymbiózy. Pracovníci LMT se podíleli na anotaci genomu centrické rozsivky Thalassiosira pseudonana (Armrust et al., 2004, Science) a penátní rozsivky Phaeodactylum tricornutum (Bowler et al., 2008, Nature). Zároveň byl MO přizván k anotaci genomů skrytěnky Guillardia theta a chlorarachniophyta Bigelowiella natans.
V rámci prvního genomového projektu na rozsivkách se nám podařilo identifikovat řadu metabolických drah lokalizovaných v plastidu. Překvapivě, ne všechny jaderně kódované proteiny, které jsou posttranslačně importovány do plastidu jsou cyanobakteriálního původu, jak by se dalo předpokládat. Je zřejmé, že plastidy mohou využívat enzymy, které nepocházejí z cyanobakterií, ve svém metabolismu. Ukázali jsme, že původní jaderně kódované geny pro proteiny cyanobakteriálního původu mohou být vyměněny za své cytosolické či mitochondriální homology, které jsou pak cíleny do plastidu, kde jsou používány. Je jasné, že sekundární endosymbióza zásadně ovlivnila složení a lokalizaci některých metabolických drah (Oborník and Green, 2005, Mol. Biol. Evol. ; Jiroutová et al., 2007, J. Mol. Evol.; Coesel et al., 2008, PLoS ONE).
Evolution and phylogenetic relationships of apicomplexan parasites have been intensively studied. However, research has been focused on those parasitizing humans or animals with high economical importance. This led to the unbalanced taxon sampling affecting phylogenetic analyses, which have not so far contained coccidia from invertebrate hosts. We sequenced SSU rRNA genes from several coccidians from invertebrate hosts, particularly insects (apicomplexans of the genus Adelina) and cephalopods (the apicomplexan genus Aggregata) and investigated their phylogenetic relationships. This work was done (M.O.) in long-term collaboration with David Modrý (Veterinary University Brno).
Pro porovnávací studie jsou helmintologům z různých zemí k dispozici rozsáhlé sbírky...
