RNDr. Jan Brabec, Ph.D.

Funkce: Postdoktorand - Laboratoř helmintologie

Kontaktní údaje

Telefon: +420 387775484
E-mail: brabcak@paru.cas.cz
Místnost: 209

Popis

Mezi hlavní okruhy mého vědeckého zájmu patří studium molekulární evoluce a fylogeneze parazitických červů ze skupiny Neodermata (Platyhelminthes), do které spadají i notoricky známé tasemnice a motolice. Zde se pak specializuji především na skupiny parazitující u sladkovodních a mořských ryb, přičemž mě nezajímá pouze samotný způsob, jakým jednotlivé skupiny vznikly či fylogenetické vztahy současných zástupců, ale také recentní evoluční historie vybraných druhů a mechanismy, které evoluci těchto parazitů ovlivňují. Pro studium výše uvedeného používám molekulárně biologické a bioinformatické techniky (high-throughput sekvenování transkriptomů, reduced-representation genome sequencing, etc.), přičemž se stále snažím nacházet nové způsoby a optimalizovat ty v praxi zavedené pro jejich lepší využití u parazitických skupin. Biologický materiál se kterým pracujeme skýtá totiž jistá specifika, kterými se liší od modelových organismů: většina druhů či jejich larválních stádií je relativně malých rozměrů, nelze je kultivovat mimo hostitele a jejich výskyt je vzácný či omezený na specifické a těžce dostupné hostitele. Často pracujeme s unikátním materiálem z muzejních sbírek a jedním z mých současných projektů je optimalizovat laboratorní přístup, jak získat genomická data z velmi fragmentované DNA v těchto vzorcích uchované.

 

Pokud jste studenti Přírodovědecké fakulty či jiných fakult s biologickým zaměřením se zájmem o práci na téma molekulární fylogenetiky, molekulární taxonomie či evoluční genomiky mnohobuněčných parazitů ryb, neváhejte mě kontaktovat či rovnou vyhledat za účelem diskuze možných témat kvalifikačních prací (Parazitologický ústav, druhé patro, nejčastěji místnost 209, případně 219). Vždycky mám v šuplíku nějaké větší či menší téma, vhodné pro bakalářskou, diplomovou či doktorskou práci, při jejímž řešení si prakticky osvojíte zejména techniky sekvenování DNA a bioinformatické zpracování těchto dat, tedy dovedností, které stabilně poskytují dobré pracovní uplatnění i mimo akademickou sféru. 

 

Odborný životopis

Více info v anglické verzi.

 

Publikace
Celkem nalezeno: 36 záznamů
Kuchta R., Kołodziej-Sobocińska M., Brabec J., Młocicki D., Salamatin R., Scholz T. (2021) Sparganosis (Spirometra) in Europe in the molecular era Clinical Infectious Diseases 72 : 882–890.
DOI: 10.1093/cid/ciaa1036
Scholz T., Waeschenbach A., Oros M., Brabec J., Littlewood D. (2021) Phylogenetic reconstruction of early diverging tapeworms (Cestoda: Caryophyllidea) reveals ancient radiations in vertebrate hosts and biogeographic regions International Journal for Parasitology 51 : 263-277.
DOI: 10.1016/j.ijpara.2020.09.009
de Chambrier A., Brabec J., Scholz T. (2020) Molecular data reveal unexpected species diversity of tapeworms of Australasian reptiles: revision of Kapsulotaenia (Cestoda: Proteocephalidae) Zootaxa 4869 : 529–561.
DOI: 10.11646/zootaxa.4869.4.4
Ebmer D., Navarrete M.J., Muñoz P., Flores L.M., Gärtner U., Brabec J., Poppert S., Taubert A., Hermosilla C. (2020) Anthropozoonotic parasites circulating in synanthropic and pacific colonies of South American sea lions (Otaria flavescens): non-invasive techniques data and a review of the literature Frontiers in Marine Science 7 : 543829.
DOI: 10.3389/fmars.2020.543829
de Chambrier A., Brabec J., Tran B.T., Scholz T. (2019) Revision of Acanthotaenia von Linstow, 1903 (Cestoda: Proteocephalidae), parasites of monitors (Varanus spp.), based on morphological and molecular data. Parasitology Research 118 : 1761–1783.
DOI: 10.1007/s00436-019-06326-6
Řežábková L., Brabec J., Jirků M., Dellerba M., Kuchta R., Modrý D., Parker W., Jirků-Pomajbíková K. (2019) Genetic diversity of the potentially therapeutic tapeworm Hymenolepis diminuta (Cestoda: Cyclophyllidea). Parasitology International 71 : 121–125.
DOI: 10.1016/j.parint.2019.04.009
Scholz T., Choudhury A., Uhrová L., Brabec J. (2019) The Proteocephalus species-aggregate in freshwater centrarchid and percid fishes of the Nearctic region (North America) Journal of Parasitology 105 : 798–812.
DOI: 10.1645/19-89
Scholz T., Kuchta R., Brabec J. (2019) Broad tapeworms (Diphyllobothriidae), parasites of wildlife and humans: Recent progress and future challenges International Journal for Parasitology: Parasites and Wildlife 9 : 359–369.
DOI: 10.1016/j.ijppaw.2019.02.001
Brabec J., Scholz T., Štefka J. (2018) Development of polymorphic microsatellites for the invasive Asian fish tapeworm Schyzocotyle acheilognathi Parasitology International 67 : 341-343.
DOI: 10.1016/j.parint.2018.01.007
Hernandez Orts J., Scholz T., Brabec J., Kuzmina T., Kuchta R. (2018) Does the number of genital organs matter? Case of the seal tapeworm Diphyllobothrium (syn. Diplogonoporus) tetrapterus (Cestoda: Diphyllobothriidea) Canadian Journal of Zoology 96 : 193-204.
DOI: 10.1139/cjz-2017-0013
Scholz T., Tavakol S., Uhrová L., Brabec J., Přikrylová I., Mašová Š., Šimková A., Halajian A., Luus-Powell W. (2018) An annotated list and molecular data on larvae of gryporhynchid tapeworms (Cestoda: Cyclophyllidea) from freshwater fishes in Africa Systematic parasitology 95 : 567–590.
DOI: 10.1007/s11230-018-9796-y
Waeschenbach A., Brabec J., Scholz T., Littlewood D., Kuchta R. (2017) The catholic taste of broad tapeworms – multiple routes to human infection International Journal for Parasitology 47 : 831-843.
DOI: 10.1016/j.ijpara.2017.06.004
Young C., Miller M.A., Kuchta R., Brabec J., Newsome S.D., Dailey M. (2017) First Report of an Adult Tapeworm (Cestoda: Diphyllobothriidea) in a Southern Sea Otter (Enhydra lutris nereis) Journal of Wildlife Diseases 53 : 934-937.
DOI: 10.7589/2017-01-020
Brabec J., Kuchta R., Scholz T., Littlewood D. (2016) Paralogues of nuclear ribosomal genes conceal phylogenetic signal within the invasive Asian fish tapeworm lineage: evidence from next generation sequencing data International Journal for Parasitology 46 : 555-562.
DOI: 10.1016/j.ijpara.2016.03.009
Briscoe A., Bray R., Brabec J., Littlewood D. (2016) The mitochondrial genome and ribosomal operon of Brachycladium goliath (Digenea: Brachycladiidae) recovered from a stranded minke whale Parasitology International 65 : 271-275.
DOI: 10.1016/j.parint.2016.02.004
Oros M., Brabec J., Kuchta R., Choudhury A., Scholz T. (2016) A synoptic review of Promonobothrium Mackiewicz, 1968 (Cestoda: Caryophyllidea), parasites of suckers (Catostomidae) in North America, with description of two new species Folia Parasitologica 63 : 008.
DOI: 10.14411/fp.2016.008

Dokumenty ke stažení:
Oros et al. 2016 FP (pdf)
Brabec J., Kostadinova A., Scholz T., Littlewood D. (2015) Complete mitochondrial genomes and nuclear ribosomal RNA operons of two species of Diplostomum (Platyhelminthes: Trematoda): a molecular resource for taxonomy and molecular epidemiology of important fish pathogens Parasites & Vectors 8 : 336.
DOI: 10.1186/s13071-015-0949-4
Brabec J., Waeschenbach A., Scholz T., Littlewood D., Kuchta R. (2015) Molecular phylogeny of the Bothriocephalidea (Cestoda): molecular data challenge morphological classification International Journal for Parasitology 45 : 761-771.
DOI: 10.1016/j.ijpara.2015.05.006
Hernandez Orts J., Scholz T., Brabec J., Kuzmina T., Kuchta R. (2015) High morphological plasticity and global geographical distribution ofthe Pacific broad tapeworm Adenocephalus pacificus (syn.Diphyllobothrium pacificum): Molecular and morphological survey Acta Tropica 149 : 168-178.
DOI: 10.1016/j.actatropica.2015.05.017
Kuchta R., Scholz T., Brabec J., Wicht B. (2015) Diphyllobothrium, Diplogonoporus and Spirometra. Section III Important Foodborne Parasites, L. Xiao, U. Ryan and Y. Feng (Eds.) 299-326.

Více publikací

KONTAKT

Biologické centrum AV ČR, v.v.i.
Parazitologický ústav
Branišovská 1160/31
370 05 České Budějovice

NAJÍT PRACOVNÍKA